Satoru, employé de bureau lambda, se fait assassiner par un criminel en pleine rue. Son histoire aurait dû s'arrêter là, mais il se retrouve soudain réincarné dans un autre monde sous la forme d'un Slime, le monstre le plus faible du bestiaire fantastique. Le voilà équipé de deux compétences uniques : « Prédateur », lui permettant de récupérer les aptitudes de ses adversaires, et « Grand Sage », grâce à laquelle il acquiert une compréhension aiguë de son environnement. Mais même muni de ces armes, ses chances de survie semblent cependant limitées...

Les grands affrontements dans le monde des ninjas appartiennent désormais au passé. Le village de Konoha est entré dans une ère de paix. Boruto, le fils du 7e Hokage, vit mal d’être dans l’ombre de son éminent paternel. Il ne se doute pas qu’une nouvelle menace plane sur eux… La légende de la nouvelle génération commence maintenant ! !

L'histoire se déroule dans un univers post-apocalyptique où la population a presque été anéantie par de puissantes créatures démoniaques appelée Aragami. Pour sauver l’humanité, un groupe pharmaceutique a créé une arme organique, les Jinki, qui tire sa force en dévorant les Aragami. Ces armes ont pour particularité de fusionner avec quelques humains et représentent l’unique moyen d’éliminer ces monstres. On suit les membres de l’organisation Fenrir à travers différentes mission, qui combattent les Aragami en utilisant les Jinki.